当研究所は、1960（昭和35）年に原子力の平和利用と技術開発を目的として開設されました。
開所以来、小型の研究用原子炉を活用し、原子炉の中性子を利用した癌治療や、放射化分析法による極微量元素分析など、国際的にも注目を集める成果を挙げてきました。また、全国の大学の共同利用や受託業務を通じて広く社会に貢献してきました。 しかし、平成元年12月末、原子炉の照射室の壁床面に水の浸み出しがあり、原子炉の運転を停止しました。
2003（平成15）年に、当施設の設置者である学校法人五島育英会において原子炉施設を廃止することの決定がなされました。
当研究所では、本決定を受けて、監督官庁の指導を仰ぎながら、安全の確保に万全を期して、原子炉の運転機能の永久停止措置を行い、 2006（平成18）年8月に施設より、全ての使用済燃料を搬出し、製造元の米国に返還しました。 今後も施設の安全管理には万全の配慮を図りながら、原子炉の解体工事、放射性廃棄物の処分等について検討していく予定です。
原子炉施設としては廃止措置中ですが、放射性同位元素の取扱施設としては現在も活発に教育・研究活動を行っています。
これまでの経験と実績に基づいて、社会が求める原子力・放射線技術者の育成を継続していきます。